В состав Отдела входят три Центра:
На базе отдела сформирован научный коллектив для выполнения работы по гранту РНФ № 22-18-00365 "Семиотические модели в кросскультурном пространстве: Balcano-Balto-Slavica"
В 2010 году ушла из жизни сотрудница Отдела, доктор филологических наук, ведущий научный сотрудник Татьяна Николаевна Молошная, в 2015 году – доктор филологических наук, член-корреспондент РАН, член-корреспондент Гёттингенской академии наук, профессор, главный научный сотрудник Института Татьяна Михайловна Николаева, возглавлявшая Отдел с 1990 до 2012 года, а в 2017 году – академик Вячеслав Всеволодович Иванов, работавший в Отделе с 1961 года и руководивший им с 1961 по 1989 год, и академик Андрей Анатольевич Зализняк. Долгие годы в Отделе работала Татьяна Владимировна Михайлова (Цивьян).
– Типологические изыскания как в сугубо лингвистической области, так и в сфере нарративных структур, включая реконструкцию и синхронное описание, из чего вытекает объединение интересов к самым современным методам изучения языка с интересами к древнейшим состояниям языка и мифопоэтических структур, индоевропейскому прасостоянию и индоевропейским реконструкциям.
– Проблемы славяно-балтийских отношений.
– Дешифровка и исследование древнерусских берестяных грамот и надписей-граффити.
– Типология нарративных структур средневековых хроник.
– Типологическое изучение грамматики славянских языков, а также типология самой грамматической мысли.
– Исследования по структуре и семиотике традиционного и художественного текста.
В 2005 г. в Отделе создан Центр славяно-германских исследований (руководитель – д. ф. н. Ф. Б. Успенский). В его задачи частично входит продолжение исследований славяно-скандинавских контактов на антропологическом уровне и исторической семантики имени, изучение лингвистических контактов и взаимных влияний славянских и германских языков .
С 2007 г. в отделе функционирует Центр лингвокультурных исследований Balcanica (руководитель – д. ф. н. И. А. Седакова). В рамках этого Центра продолжается особая ветвь контактно-славянских исследований по балканистике, в основном представленная трудами Т. В. Цивьян, И. А. Седаковой и покойной Т. Н. Свешниковой.
В 2008 г. в отделе создан Центр балто-славянских исследований (руководитель – д. ф. н. Т. В. Цивьян), в задачи которого входит продолжение проводившихся в течение всего времени существования Отдела исследований славяно-балтийских языковых и культурных отношений, как диахронических, так и синхронно-типологических, отражаемых, в частности, в регулярной серии «Балто-славянские исследования».
21 мая 2013 г. Отделом была организована секция «Актуальные проблемы славянского языкознания» в рамках международной научной конференции «Славянский мир: общность и многообразие», посвященной 1150-летию славянской письменности (20–21 мая 2013 г.).