В состав Отдела входят два Центра:
В 2022-2024 гг. на базе отдела велась работа по гранту РНФ № 22-18-00365 "Семиотические модели в кросскультурном пространстве: Balcano-Balto-Slavica"
В 2010 году ушла из жизни сотрудница Отдела, доктор филологических наук, ведущий научный сотрудник Татьяна Николаевна Молошная, в 2015 году – доктор филологических наук, член-корреспондент РАН, член-корреспондент Гёттингенской академии наук, профессор, главный научный сотрудник Института Татьяна Михайловна Николаева, возглавлявшая Отдел с 1990 до 2012 года, а в 2017 году – академик Вячеслав Всеволодович Иванов, работавший в Отделе с 1961 года и руководивший им с 1961 по 1989 год, и академик Андрей Анатольевич Зализняк. Долгие годы в Отделе работала Татьяна Владимировна Михайлова (Цивьян).
• Типология и сравнительное языкознание: славянские, балканские и балтийские языки, памятники письменности, контактология, индоевропеистика.
• Междисциплинарные исследования в области германо-славянских, балто-славянских и балкано-славянских языковых и культурных контактов в синхронии и диахронии.
• Анализ балканских, балтийских и славянских фольклорных текстов, с учетом выявленных общих закономерностей и архетипических мифологем.
• Этнолингвистические и семиотические исследования языка традиционной культуры балканских, балтийских и славянских народов.
• Работа над сводом древних надписей на стенах новгородского Софийского собора и других эпиграфических памятников.
• Многоаспектное изучение типологических параллелей в памятниках средневековой литературы Древней Руси и Западной и Центральной Европы, в том числе в магических текстах.
• Ономастика и семиотика.
В 2005 г. в Отделе создан Центр славяно-германских исследований (руководители – д. ф. н. Ф. Б. Успенский, с 2021 г. – к.и.н. С. М. Михеев). В его задачи входит историко-филологическое исследование древнерусско-скандинавских связей, изучение лингвистических контактов и взаимных влияний славянских и германских языков. Деятельность Центра временно приостановлена.
С 2007 г. в отделе функционирует Центр лингвокультурных исследований Balcanica (руководитель – д. ф. н. И. А. Седакова). В рамках этого Центра продолжается особая ветвь контактно-славянских исследований по балканистике, в основном представленная трудами Т. В. Цивьян, И. А. Седаковой и покойной Т. Н. Свешниковой. Ведется многоплановая работа по изучению балканских языков и культур, с особым вниманием к семиотическим аспектам. Проводятся ежегодные конференции и выпускаются два серийных издания по балканистике.
В 2008 г. в отделе создан Центр балто-славянских исследований (руководители – д. ф. н. Т. В. Цивьян, с 2021 г. – М. В. Завьялова), в задачи которого входит продолжение проводившихся в течение всего времени существования Отдела исследований славяно-балтийских языковых и культурных отношений, как диахронических, так и синхронно-типологических, отражаемых, в частности, в регулярной серии «Балто-славянские исследования».
21 мая 2013 г. Отделом была организована секция «Актуальные проблемы славянского языкознания» в рамках международной научной конференции «Славянский мир: общность и многообразие», посвященной 1150-летию славянской письменности (20–21 мая 2013 г.).