- издание ежегодника «Балто-славянские исследования» и других работ по балтистике;
- проведение семинаров и конференций с привлечением специалистов по балто-славистике из России и из-за рубежа;
- разработка комплексных проблем балто-славистики, требующих междисциплинарного подхода, с привлечением специалистов разных областей гуманитарного знания (филологов, историков, археологов, культурологов, этнологов);
- консолидация научных сил в области балто-славянских исследований, сбор информации об организациях и отдельных ученых, занимающихся проблемами балтистики на территории России, и научное сотрудничество с ними;
- развитие сотрудничества с зарубежными учеными и научными центрами по балтистике, в том числе в славянских странах, странах Балтии и Западной Европы;
- привлечение к работе в этой области молодых ученых, аспирантов и студентов, подготовка специалистов в области балтистики;
- обработка балто-славянской части архива В. Н. Топорова и подготовка соответствующих изданий и базы данных для дальнейших исследований.
Открытие в 2009 г. Центра балто-славянских исследований было важным, но формальным событием, так как фактически исследования балто-славянских контактов, организация конференций, посвященных этой тематике, и выпуск сборников серии «Балто-славянские исследования» велись группой ученых Отдела типологии и сравнительного языкознания с 1970-х годов. В частности, в период с 1978 по 1990 год были организованы следующие конференции:
По ряду внешних причин, приведших к потере связей между учеными двух стран – России и Литвы – к началу 90-х годов, перестали проводиться конференции, временно прекратился выпуск «Балто-славянских исследований» (серия возобновилась с 1997 г.). С 2000-х годов организация конференций по балто-славянской тематике и выпуск сборников возобновились благодаря сотрудничеству с Посольством Литовской Республики в Российской Федерации и инициативам атташе по культуре посольства Юозаса Будрайтиса. В период с 2000 по 2009 г. совместно были организованы следующие конференции:
В период с 2002 по 2007 гг. совместно с Институтом истории Литвы; Вильнюсским Университетом, Калининградским государственным университетом, Даугавпилсским педагогическим институтом, Тартуским университетом, Таллинским педагогическим университетом, Университетом Йонсуу (Финляндия) осуществлялся проект «Перекресток культур: циркумбалтийский регион». В рамках проекта были организованы следующие конференции:
В Центре имеется большая по объёму библиотека научных трудов по славистике и балтистике. С описью библиотеки можно ознакомиться здесь.
С момента возникновения Отдела типологии (1960 г.) тема балто-славянских исследований была одной из приоритетных в его работе. Основатели отдела (Вяч. Вс. Иванов и В. Н. Топоров) неоднократно подчеркивали важность балтистики для изучения проблем славяноведения, как лингвистических, так и исторических и культурологических. На 4-ом съезде славистов в 1958 г. они высказали ставшую поворотным пунктом в балто-славистике гипотезу о взаимоотношениях балтийских и славянских языков. Началось активное сотрудничество с научными институтами Литвы и Латвии, сотрудники Института славяноведения (Вяч. Вс. Иванов, В. Н. Топоров, Т. М. Судник, С. М. Шур (Толстая), Л. Г. Невская, Т. В. Цивьян, М. И. Лекомцева и др.) участвовали в диалектологических экспедициях в Литве и Белоруссии. В результате был собран ценнейший диалектологический материал, обобщенный в монографиях Т. М. Судник и Л. Г. Невской, работах В. Н. Топорова, Вяч. Вс. Иванова.
В Институте разрабатывались и другие важные направления в изучении балто-славянской проблематики: акцентология (В. А. Дыбо, В. М. Иллич-Свитыч); этимология (Вяч. Вс. Иванов, В. Н. Топоров); лингвогеография (В. Н. Топоров). Книга Вяч. Вс. Иванова и В.Н. Топорова «Славянские языковые моделирующие семиотические системы (древний период)» (М., 1965) положила начало серии семиотических исследований в области балто-славянских древностей.
С конца 1990-ых гг. Институт славяноведения РАН активно сотрудничает с культурным центром Посольства Литовской Республики в Российской Федерации, где по инициативе В. Н. Топорова, Вяч. Вс. Иванова и атташе по культуре Литвы Ю. Будрайтиса (с 2012 г. на этом посту его сменил Ф. Латенас, с 2014 г. – А. Шимелис) организуются международные конференции, посвященные актуальным проблемам балто-славистики. С 1998 г. было проведено более 20 международных конференций с участием ученых из Литвы, Латвии, Эстонии, Белоруссии, Украины, Польши, Чехии, Венгрии, Италии, Германии, Швейцарии, Австрии, Франции и других стран.
Развивается плодотворное сотрудничество со странами Балтии. Институт славяноведения имеет договоры о сотрудничестве с Институтом литовского языка (с 2000 г.) и с Институтом литовской литературы и фольклора (с 2007 г.). В дальнейшем планируются договоры с научными центрами Латвии, Польши, Германии. Сотрудники Института регулярно участвуют в конференциях в странах Балтии, в научных стажировках и совместных проектах. С 2002 г. осуществляется многосторонний международный проект «Циркумбалтийский регион: перекрестки культур», в котором с российской стороны участвуют Институт славяноведения РАН, Институт лингвистических исследований РАН (Санкт-Петербург), Государственный университет им. Иммануила Канта (Калининград). С 2008 г. сотрудники Института совместно с сотрудниками Института литовского языка занимаются обработкой картотеки этимологического словаря прусского языка В.Н. Топорова. В 2012–2013 гг. совместно с Вильнюсским университетом осуществлялся международный проект «Литва здесь и там: язык, наука, культура, общество».