Доктор исторических наук, член-корреспондент РАН, зав. Отделом истории средних веков, работает в Институте славяноведения с 1965 года (младший научный сотрудник, затем старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник, главный научный сотрудник, зав. отделом).
Родился 8 декабря 1937 года в Москве. В 1960 году окончил исторический факультет МГУ, затем – младший научный сотрудник Археографической комиссии. В 1969 году защитил в Институте славяноведения кандидатскую диссертацию «Русско-польские отношения и балтийский вопрос в конце XVI–начале XVII в.», в 1980 году – докторскую диссертацию «Русско-польские отношения и политическое развитие Восточной Европы во второй половине XVI – начале XVII вв.».
Специалист по широкому кругу проблем социальной, этнической и культурной истории стран Центральной, Восточной и Юго-Восточной Европы X–XVII вв.
Б. Н. Флоря исследует проблемы средневековой истории западных и восточных славян, международных отношений в Восточной Европе раннего Нового времени, историю культуры славянских народов в раннем средневековье, отношения между конфессиями в славянском мире.
Он опубликовал серию работ, в которых рассмотрел наиболее важные моменты в развитии русско-польских отношений в XVI–XVII вв., среди них две монографии. В них показаны особенности политической идеологии правящих элит России и Речи Посполитой, позволившие автору выявить причины, по которым оказались неудачными попытки польских феодалов превратить Русское государство в часть своей политической системы. Б. Н. Флоря продолжил разработку проблем международных отношений в работах о взаимоотношениях России и Речи Посполитой с Османской империей в XVI–XVII вв. и о русско-греческих связях в первой половине XVII в. Эти исследования, в которых использованы неизвестные ранее архивные материалы, внесли важные поправки в сложившиеся представления о российской внешней политике первой половины XVII в.
Б. Н. Флоря является также автором ряда работ по истории народно-освободительного движения на Украине и русско-украинским связям конца XVI – первой половины XVII вв. В них исследуется политическая идеология движения и выясняются особенности массового сознания украинского общества.
Большое место в научном творчестве ученого занимают проблемы раннего средневековья. В коллективном труде «Раннефеодальные государства и народности (южные и западные славяне, VI–XII вв.)» (М., 1991) он предложил оригинальную типологию раннефеодальных государств на территории Центральной и Юго-Восточной Европы и предпринял сравнительно-историческое исследование путей формирования и развития феодальной государственности в Древней Руси и у западных славян.
Ученый уделяет значительное внимание изучению противостояния католической и православной конфессий и их воздействия на историческое развитие Восточной Европы. Кроме нескольких монографий и ряда статей по этой проблематике Б. Н. Флоря принял активное участие в работе по подготовке нового издания многотомной «Истории русской церкви» митрополита Макария. Им написано введение и составлены комментарии к Т. 5 (М., 1996), посвященному истории церкви Западной Руси с XV в. до Брестской церковной унии 1596 г.; эта работа была отмечена Патриархом Алексием II.
Значителен вклад Б. Н. Флори в исследование этнического самосознания эпохи средневековья. В работах по этим проблемам он показал динамику перехода от осознания принадлежности к племенному союзу к осознанию принадлежности к народности, выяснил различия в общественном самосознании разных общественных групп.
Результатом глубокого изучения памятников славянской письменности, связанного с осуществленными ученым их переводами, стал ряд публикаций этих памятников.
Б. Н. Флоря является ответственным редактором серии сборников «Славяне и их соседи», ежегодника «Белоруссия и Украина: история и культура», членом редколлегии журнала «Славяноведение».
Лауреат Премий памяти митрополита Макария (1997 и 2001 годов). Награжден церковным орденом Святого Сергия Радонежского III степени.
С 1994 года – профессор МГУ, где читает часть общего лекционного курса по отечественной истории, спецкурсы по отечественной истории и истории русско-польских отношений эпохи средневековья.
Русско-польские отношения и балтийский вопрос в конце XVI–начале XVII в. М., 1973.
Сказания о начале славянской письменности. М., 1981.
Россия и чешское восстание против Габсбургов. М., 1986.
Отношения государства и церкви у восточных и западных славян: (эпоха средневековья). М., 1992.
Иван Грозный. М., 1999 (2-е изд.: М., 2002).
У истоков религиозного раскола славянского мира (XIII век). СПб., 2004.
Польско-литовская интервенция в России и русское общество. М., 2005.
Исследования по истории Церкви: древнерусское и славянское средневековье. М., 2007.
Русское государство и его западные соседи (1655–1661). М., 2010.
Древнерусское наследие и исторические судьбы восточного славянства (соавтор). М., 1982.
Судьбы славянской письменности после Кирилла и Мефодия (соавтор). Спб., 2004;
Разделы в коллективных трудах
Развитие этнического самосознания славянских народов в эпоху раннего средневековья. М., 1982.
Принятие христианства народами Центральной и Юго-Восточной Европы и Крещение Руси. М., 1988.
Развитие этнического самосознания средневековых народов в эпоху зрелого феодализма. М., 1989.
Связи России с народами Балканского полуострова. Первая половина XVII в. (отв. ред.) М., 1989.
Раннесредневековые государства и народности (южные и западные славяне). VI–XII вв. М., 1991.
Этническое самосознание славян в XV столетии. М., 1995.
Брестская уния 1596 г. и общественно-политическая борьба на Украине и в Белоруссии в конце XVI – начале XVII в. Ч. 1–2. М., 1996, 1999 (отв. ред.).
Османская империя и страны Центральной, Восточной и Юго-Восточной Европы в XVII в. Ч. 1–2. М., 1998, 2001.
Христианство в странах Восточной, Юго-Восточной и Центральной Европы на пороге второго тысячелетия. М., 2002 (отв. ред.).
Общественная мысль славянских народов в эпоху раннего средневековья. М., 2009 (отв. ред.).
Сказания о начале славянской письменности. М., 1981 (автор вступительной статьи, переводчик и комментатор).
Документи росiйських архiвiв з iсторiї Украiни. Львiв, 1998. Т. 1 (один из подготовителей).
Florilegium: К 60-летию Б.Н. Флори. М., 2000.
Иванов С. А. К юбилею Бориса Николаевича Флори // Славяноведение. 2007. № 6.
Иванов С. А., Турилов А. А. К 70-летию Б. Н. Флори // Анфологион. Славяне и их соседи. Власть, общество, культура в славянском мире в Средние века. К 70-летию Бориса Николаевича Флори. Вып. 12. М., 2008.
Труды Бориса Николаевича Флори // Florilegium. К 60-летию Б. Н. Флори. М., 2000.
Библиография работ Б. Н. Флори за 2000–2007 гг. // Анфологион. Славяне и их соседи. Власть, общество, культура в славянском мире в Средние века. К 70-летию Бориса Николаевича Флори. Вып. 12. М., 2008.