Исследователь широкого круга вопросов средневековой и новой истории южных славян.
Член Винкельмановского общества в Стендале (Германия). В 1950 окончил исторический факультет МГУ, затем учился в аспирантуре ИСл. В 1964 защитил в ИСл кандидатскую диссертацию «Феодальное землевладение в Сербии, северной и центральной Македонии и Зете во второй половине XIV в.», в 1978 — докторскую диссертацию «Господствующий класс и государственная власть в Сербии XIII—XV вв.: динамика социальной и политической системы сербского феодализма». В 1958—1990 работал в ИСл: мнс, снс, внс.
Наиболее значительное место в исследованиях Е. П. Наумова занимает история средневековой Сербии. Он автор ряда серьезных статей по этой проблематике. Все эти исследования написаны на основе многочисленных источников и обнаруживают исключительную источниковедческую и историографическую эрудицию автора. В них рассматриваются преимущественно вопросы социально-экономического развития средневековой Сербии, причем, как правило, в тесной связи с политической историей региона. В ряде работ Е. П. Наумова рассмотрены также проблемы южнославянсковизантийских отношений, христианизации Сербии и Хорватии, истории церкви на Балканах, отражения истории средневековой Сербии в южнославянском эпосе, культурных связей балканских народов с Россией и Италией. В ряде работ ученый затронул спорные и неизученные вопросы исторической географии Балкан накануне турецкого завоевания, показал многообразие форм исторического развития отдельных районов Балканского полуострова.
В 1971 Е. П. Наумов вошел в состав Дантовской комиссии АН СССР и активно сотрудничал в ее изданиях, внеся значительный вклад и изучение исторических аспектов мировой дантологии. В конце 1970-х гг. он заинтересовался вопросами славянского этногенеза и этнического самосознания славян, выступив по этой проблематике в коллективных трудах Института «Развитие этнического самосознания славянских народов в эпоху раннего средневековья» (М., 1982), «Развитие этнического самосознания славянских народов в эпоху зрелого феодализма» (М., 1989) и других изданиях. Весьма значительных результатов Е. П. Наумов достиг в работе по изучению и подготовке к изданию документальных материалов XIX в. Он активно участвовал в работе над фундаментальными сборниками документов «Освобождение Болгарии от турецкого ига» (М., 1961—1964. Т. 1-2) и «Первое сербское восстание 1804—1811 гг. и Россия» (М., 1980—1984. Кн. 1-2).
Е. П. Наумов написал также несколько историографичских работ, в которых исследовал научную деятельность академика В.И. Пичеты и славистов XIX в. В.И. Григоровича, М.П. Погодина, Вука Караджича, опубликовал ряд статей по проблемам источниковедения. Был ответственным секретарем редколлегии сборников «Славянский архив».
Секуляризация в феодальном развитии балканских стран в XIVXV вв. (по материалам Македонии, Зеты и Сербии). М., 1966.
Господствующий класс и государственная власть в Сербии XIII—XV вв.: динамика социальной и политической системы сербского феодализма. М., 1975.
К вопросу об эволюции феодальной ренты в Сербии, северной и центральной Македонии и Зете в первой половине XIV в. // УЗИС. 1962. Т. 24.
Кем написано второе житие Стефана Дечанского? // СлАрх. М., 1963.
Вторая Архилевицкая грамота как исторический источник // Источники и историография славянского средневековья: Сборник статей и материалов. М., 1967.
Славяните и феудалците според Кончанскиот практик, 1366–1367 (од социjално-економската историjа на централна Македониja) // Историjà. Скопjе, 1967. № 1
К истории аграрного переворота в Сербии в 30-х годах XIX века // ССл. 1971. № 3.
К истории летописного «Списка русских городов дальних и ближних» // Летописи и хроники: Сборник статей, 1973. М., 1974.
Из истории болгарского Причерноморья в конце XI века // Bulgarian Historical Review. Sofia, 1976. № 1.
К истории сербского феодального государства в конце XII — начале XIII века (центральная власть и удельные княжества) // ССл. 1976. № 1.
Свидетельства сербских летописей в составе Русского хронографа (к истории русско-сербских культурных связей XV в.) // Там же. 1976. № 4.
История Сербии в работах В.И. Пичеты // Славяне в эпоху феодализма: К столетию академика В.И. Пичеты. М., 1978.
Античные мотивы в средневековой сербской литературе // Славянские литературы: Доклады советской делегации / VIII Международный съезд славистов. Загреб-Любляна, сентябрь 1978 г. М., 1978.
Сословные монархии средневековой Европы и политические концепции Данте // Дантовские чтения. М., 1979.
Процессы формирования средневековой сербской народности и балканские влахи в XII—XIII вв. // Формирование раннефеодальных славянских народностей. М., 1981.
Советская историография о возникновении и развитии Первого болгарского царства // История и культура Болгарии: К 1300-летию образования Болгарского государства. М., 1981.
Балканское крестьянство в феодальной системе XIII-XV вв. (к вопросу об эволюции крестьянских категорий и повинностей в южнославянских странах и Северной Албании) // БИссл. 1982. Вып. 7.
Политическая борьба и общественное развитие Сербии в начале 70-х гг. XIX в. (по материалам современной публицистики и историографии) // ВИС. 1982. [Вып. 7].
Османская империя и страны Центральной, Восточной и Юго-Восточной Европы в XV—XVI вв.: главные тенденции политических взаимоотношений. М., 1984 (соавтор).
Раннефеодальные государства на Балканах, VI—XII вв. М., 1985 (соавтор).
Рогов А.И. Е. П. Наумов // ССл. 1990. № 3.
Славяноведение в СССР. Биобиблиографический словарь. New York, 1993.
Горина Л.В. О научном творчестве Е. П. Наумова (1932—1990 годы) // ВИС. 2006. Вып. 17.